Parafia św. Anny została erygowana 26 lipca 2003 r. przez abp. Wojciecha Ziembę. Pierwszym proboszczem został mianowany ks. Józef Koszewnik. Nową placówkę duszpasterską wydzielono z parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny (farnej).
Od połowy lat 90. XX w. ks. Antoni Lićwinko,
proboszcz macierzystej parafii farnej zabiegał o budowę kaplicy na
Osiedlu Tysiąclecia. On też 1 września 1996 r. po raz pierwszy odprawił
Mszę św. dla osób chorych i starszych w klubie "Millenium" należącym do
Białostockiej Spółdzielni Mieszkaniowej. Odtąd sprawowano tam liturgię
regularnie raz w miesiącu. Po utworzeniu parafii na tymczasową kaplicę
zaadaptowano budynek po dawnym przedszkolu. Obiekt użyczyła parafii Rada
Miasta uchwałą z 30 czerwca 2003 r. i tu zaczęto odprawiać Msze św.
Adaptacji istniejącego już budynku do potrzeb kultu dokonano w oparciu o
projekt inż. arch. Andrzeja Nowakowskiego. W 2004 r. do kaplicy
dobudowano drugą nawę, a na piętrze urządzono mieszkania dla księży. W
roku następnym dobudowano wieżyczkę według projektu inż. arch. Andrzeja
Chwaliboga. Stopniowo przy ul. Mazowieckiej i Żelaznej wykupywano
działki pod budowę kościoła.
Trwały też prace nad projektem
architektoniczno-budowlanym świątyni. W związku ze zmianą planu
zagospodarowania przestrzennego terenu, zmianie uległa też koncepcja
usytuowania bryły kościoła. Spośród kilku projektów, do realizacji
wybrano projekt autorstwa inż. arch. Grzegorza Kossakowskiego. Po
uregulowaniu spraw związanych z wykupem ziemi rozpoczęto intensywne
starania o pozwolenie na budowę świątyni. Trwały one do 6 sierpnia 2010
r., kiedy to Prezydent Miasta Białegostoku wydał decyzję zatwierdzającą
projekt budowlany i udzielającą pozwolenia na budowę kościoła.
Niezwłocznie, bo już 29 tego miesiąca abp Edward Ozorowski odprawił na
gotowym do budowy placu pierwszą Mszę św. i dokonał aktu poświęcenia
terenu pod budowę świątyni. Dnia 9 września 2010 r. wraz z pierwszym,
symbolicznym wbiciem szpadla w ziemię przez proboszcza, ks. J.
Koszewnika, rozpoczęto prace budowlane. Aktu poświęcenia i wmurowania
kamienia węgielnego 19 czerwca 2011 r. dokonał podczas Mszy św. w murach
wznoszonej świątyni abp E. Ozorowski. Jest to bazylikowa, jednowieżowa
świątynia w swej architekturze nawiązująca do uproszczonego stylu
neobarokowego. W ciągu trzech ostatnich lat doprowadzono budowę kościoła
do stanu surowego zamkniętego. Wstawiono 39 aluminiowych okien,
wykonano elewację nawy głównej oraz wieży, położono blachę
tytanowo-cynową na całym dachu. Ponadto wykonano obróbki blacharskie i
aluminiowe na wieży i rozpoczęto prace przy konstrukcji hełmu wieży oraz
montażu stalowych schodów wewnętrznych na wieżę. Zaplanowano także
instalację grzewczą wewnątrz świątyni.